VC-25A могут быть также задействованы в качестве военного командного центра, например, в случае ядерной атаки. Специальная доработка самолёта позволяет ему производить дозаправку топлива в воздухе. Электронику на борту соединяет 383 км проводов, что в два раза больше, чем у обычного 747-го. Все провода имеют плотное экранирование для защиты от электромагнитного импульса в случае ядерной атаки. У самолётов также имеются средства радиоэлектронного противодействия для создания помех радарам противника, средства установки помех ракетам с инфракрасными головками самонаведения, противорадиолокационные отражатели дл? 008000 ? противодействия самонаводящимся ракетам. Многие другие возможности VC-25 являются секретными.